Etelä-Savossa toteutetaan myös muita EU-ohjelmia kuin Itä-Suomen tavoite 1 -ohjelmaa 2000-2006 ja Alueellinen kilpailukyky- ja työllisyystavoiteohjelmia 2007-2013. Niitä ovat muun muassa:

•  Kaakkois-Suomi - Venäjä -naapuruusohjelma (2004 - 2006)

•  Kaakkois-Suomi - Venäjä ENPI CBC-ohjelma (2007 - 2013)
  

•  Leader+

•  Innovatiiviset toimet

Etelä-Savo osallistuu myös Interreg IIIB Itämeren -ohjelmaan ja Interreg IIIB Pohjoisen periferian ohjelmaan sekä Interreg IIIC Pohjoisvyöhyke-ohjelmaan. Niistä saa lisätietoja ohjelmien omilta kotisivuilta sekä sisäasiainministeriön kotisivuilta